薬学部では現行の薬科学科（4年制）と薬学科（6年制）の学科別募集を改め、2018年度入試より両学科一括入試へと変更されます。
学科への配属は4年次に振分けを行うとされ、これにより幅広い薬学基礎教育を受けた上での柔軟な進路選択が可能になります。
薬剤師になるための薬剤師国家試験の受験資格は6年制薬学課程を修めた者に限定されるのですが、経過措置として2017年度までに4年制薬科学科に入学した学生であれば卒業後修士課程を経て実務実習等の臨床教育を受ければ受験できる特例があります。
これが2018年度から廃止されるため、以降、薬科学科に進む者は薬剤師免許を取得できないことになります。このため、全国薬学部の薬剤師養成へのシフトも危惧されていて、創薬基礎研究者の育成がこれからの課題となっています。
京都大学薬学部では多くの優秀な博士学位取得者の輩出（50人以上/年）を今後の目標としており、特に世界に伍する創薬研究者を養成したいとしています。
2018年度は一般入試で両学科一括74人、特色入試で薬科学科3人、薬学科3人の合計80人の募集に変わります（予定）。一般入試で入学した学生は、3年後期に本人の志望や学業成績等に基づいて所属学科を決めます。また学科配属の定員は薬学科定員の増員が検討されています。
